Các vùng liên bang được thành lập theo sắc lệnh của tổng thống Vladimir Putin vào tháng 5 năm 2000

Ngày 19 tháng 1 năm 2010, thành lập Vùng liên bang Bắc Kavkaz, được tách từ vùng liên bang phía Nam.

Tháng 3 năm 2014, sau khi quân đội Nga can thiệp và sáp nhập bán đảo Krym, Vùng liên bang Krym được thành lập[1]. Tính hợp pháp của việc sáp nhập này đang bị cộng đông quốc tế phản đối[2]. Ngày 28 tháng 7 năm 2016, Vùng liên bang Krym được nhập vào Vùng liên bang phía Nam để tiện cho việc quản lý[3].

Vào tháng 11 năm 2018, Buryatia và Zabaykalsky Krai vốn thuộc Vùng liên bang Siberi được thêm vào Khu liên bang Viễn Đông theo sắc lệnh do tổng thống Putin ban hành[4]. Trung tâm hành chính của Vùng liên bang Viễn Đông đã được chuyển từ Khabarovsk đến Vladivostok vào tháng 12 năm 2018[5].